La Facultad de Ciencias Aplicadas a la Industria se creó como una respuesta social y educativa  ante la demanda comercial cada vez más creciente en la región.

Sin duda, que los pioneros han sido un grupo de entusiastas profesionales de San Rafael que apoyados por las fuerzas vivas de la zona inició el dictado de clases ad-honorem contando con la inscripción de ciento veinte alumnos. Siendo este, el puntapié inicial para que en 1962 se haya creado el Instituto Tecnológico de San Rafael, y se dictaran las Carreras de Ingeniería en Industrias de la Alimentación e Ingeniería Química en  Petroquímica y Mineralurgia.

Ya en noviembre de 1968 completaron  sus estudios los primeros egresados, hecho de trascendental importancia para la facultad y el país, ya que son los primeros Ingenieros argentinos y de Latinoamérica especializados en Industrias de la Alimentación y en Petroquímica y Mineralurgia.

Hasta marzo de 1977 habían egresado un total de 69 ingenieros, ese mismo año, lamentablemente, como consecuencia de un convenio firmado entre la Provincia de Mendoza y la Universidad Nacional de Cuyo (ratificado por Ley Provincial Nº 4189/77 y Decreto Nº 1294/77 del Poder Ejecutivo Nacional), se dispuso el cierre de la institución, denominándose a partir de entonces Ex-Facultad de Ciencias Aplicadas a la Industria. La misma fue transferida mediante convenio a la UNCuyo.

En diciembre de 1984 en virtud del retorno a la vida institucional de la República y diversas gestiones de la comunidad educativa y sanrafaelina en general, el Consejo Superior Provisorio de la Universidad mediante las Ordenanzas 72 y 73, creó nuevamente las carreras de ingeniería cerradas.

En abril de 1994, con todos los claustros normalizados, se eligieron por primera vez las autoridades de acuerdo a lo establecido por el Estatuto de la Universidad, logrando no sólo el autogobierno, sino también la participación plena en el Consejo Superior de la Universidad Nacional de Cuyo y en la Asamblea Universitaria, situación institucional que se mantiene hasta la fecha. Ese mismo año se dispone la creación de la carrera de Ingeniería Química con dos orientaciones Petroquímica y Mineralurgia y el cierre progresivo de la carrera de Ingeniería Petroquímica y Mineralurgia.

Desde ese año a la fecha se han incorporado nuevas carreras, y actualmente la Facultad de Ciencias Aplicadas a la Industria cuenta con carreras de pregrado como Bromatología y Tecnicatura Universitaria en Enología y Viticultura, además carreras de grado como Ingeniería en Industrias de la Alimentación con títulos Intermedios en Químico Analista y Químico Industrial Superior, Ingeniería Química  (con orientación Petroquímica , Mineralurgia y Medio Ambiente, Títulos Intermedios Químico Analista, Químico Industrial), Profesorado de Grado Universitario en Química, Licenciatura en Enología y distintas ofertas de estudios de posgrado.