Fue creada el 21 de marzo de 1939 para ofrecer servicios educativos en la región de Cuyo.
En su inicio reunió bajo su administración algunos centros educativos ya existentes y se crearon otros nuevos, los que al cabo de pocos años tuvieron jerarquía universitaria y reconocido prestigio académico.
En 1973, al crearse las Universidades Nacionales de San Luis y de San Juan sobre la base de las Facultades y Escuelas que tenían sede en las mencionadas provincias, la UNCuyo, concentró su trabajo, en los centros educacionales con sede en Mendoza, además del Instituto Balseiro, que funciona en la ciudad de Bariloche, provincia de Río Negro.
La UNCuyo está conformada por 118 carreras que se dictan en 14 facultades e institutos.
En San Rafael, la Facultad de Ciencias Aplicadas a la Industria, Unidad Académica de la Universidad Nacional de Cuyo, es un referente educacional no solo para nuestra provincia sino también en todo el resto del país. Se estudian diversas carreras de Grado como Ingeniería en Industrias de la Alimentación, Ingeniería Química (con orientación Petroquímica, Mineralurgia y Medio Ambiente) Ingeniería Mecánica y el Profesorado de Grado Universitario en Química. También se ofrecen carreras de Pregrado como  Bromatología, Tecnicatura Universitaria en Enología y Viticultura y Títulos Intermedios de Químico Analista y Químico Industrial Superior. En cuanto a Posgrado se ofrecen distintas diplomaturas como lo son Diplomatura en Enseñanza de la Química con Nuevas Tecnologías de la Información y Diplomatura Superior en Enseñanza de la Biología para una Cultura Científica.
Son Autoridades, de dicha Casa de Altos Estudios, la Sra. Decana. Dra. Ing. Alicia Ordóñez de Yapur y Vicedecano Dr. Daniel Alfredo Castro.